El siglo XIX abunda en hechos históricos que rompen definitivamente con el Antiguo Régimen; las instituciones españolas van a sufrir importantes cambios. Resultado y testimonio de estos sucesos son las reformas de la Administración del Estado que tienen lugar durante este siglo. Los archivos, piezas imprescindibles dentro del aparato administrativo estatal, puesto que son la memoria de sus instituciones, van a sentir en su propia estructura y composición los efectos de estas reformas. Estos drásticos cambios administrativos coinciden en el tiempo con la reactivación de la idea, generada en el siglo XVIII por don Santiago Agustín Riol y por el padre Burriel, de fundar un archivo semejante y continuador del de Simancas, como el gran archivo del Estado. Esta propuesta, presentada a Isabel II por sus ministros, pasa por no pocos avatares hasta que, a mediados del siglo XIX, una importante reforma hacendística del Estado plantea la urgencia de contar con un archivo que pueda recoger un enorme volumen de valiosos diplomas para la Historia de España. Esta reforma de la Hacienda, con sus leyes desamortizadoras, hace pasar a manos del Estado los bienes y propiedades de las instituciones eclesiásticas, con toda la documentación de incalculable valor histórico en ellas conservada. Y por Real Orden de 18 de agosto de 1850 se dispone que toda la documentación de los archivos de las órdenes monásticas pase a la Real Academia de la Historia. Éste va a ser el primer depósito documental de estos fondos eclesiásticos, que más tarde constituirán el núcleo fundacional del archivo que se está gestando. La Academia capta muy pronto los enormes problemas que se plantean para controlar y organizar tan valiosa documentación; por ello, sus académicos solicitan del Ministro de Fomento la creación de un archivo que sirva para recoger tan importantes fondos documentales. Finalmente, el Real Decreto de 28 de marzo de 1866 crea el Archivo Histórico Nacional. En la exposición de motivos de este decreto, el Ministro de Fomento y presidente de la Real Academia de la Historia, don Antonio Aguilar y Correa, marqués de la Vega Armijo, solicita que se conceda al Archivo la consideración que merece, declarándole público, conservándole en esta Corte para que pueda ser más útil a la Academia, a la vez que a los aficionados a los estudios históricos. El Archivo, ya creado, va a permanecer en las dependencias de la Academia hasta finales del siglo XIX. Durante estas tres décadas, sus directores incrementan y organizan los fondos documentales en la medida en que lo permiten los escasos medios materiales con que cuentan. A finales del siglo XIX, el Archivo traslada su sede de la Academia al Palacio de Bibliotecas y Museos Nacionales, la Biblioteca Nacional, donde ocupará el ala norte hasta su traslado al edificio actual. Un hito histórico a destacar es el año 1896, cuando coinciden el traslado del Archivo a la Biblioteca Nacional y el nombramiento como director del centro de don Vicente Vignau y Ballester. Es en este momento cuando el archivo pasa de ser un cúmulo sólo de fondos medievales a constituir un depósito organizado de documentos procedentes de instituciones más modernas. La plenitud del Archivo corresponde a los años en que éste permanece en el edificio de la Biblioteca Nacional, de 1896 a 1952. El hecho de disponer de espacio permite recibir toda la documentación de instituciones estatales que estaba pendiente de recogerse y organizarse; por ello, podemos considerar los años transcurridos en esta sede como los del mayor incremento de fondos documentales del Archivo Histórico Nacional. En el año 1952 se inaugura el nuevo edificio para el Archivo en terrenos del entonces Ministerio de Educación Nacional, en la calle Serrano, 115. En este lugar el Archivo ha seguido recibiendo y organizando fondos documentales, como archivo final del sistema archivístico del Estado.