Das Schifffahrtsmuseum ist ein Forschungsmuseum mit Geschichte, das derzeit einen Wandel und eine Neuausrichtung vollzieht. Das Museum wurde 1971 als rechtsfähige Stiftung des bürgerlichen Rechts gegründet, 1975 als Museum eröffnet und 1980 in die gemeinsame Forschungsförderung durch Bund und Länder („Blaue Liste“/heute „Leibniz-Gemeinschaft“) aufgenommen. Die Zugehörigkeit zur Leibniz-Gemeinschaft wurde 2017 durch eine Evaluierungskommission und die Gemeinsame Wissenschaftskonferenz bestätigt. Bürgerliches Engagement war die Triebkraft für die Gründung des Museums. Ein wesentlicher Bestandteil der Sammlung ist ein archäologisch bis dato nicht nachgewiesener mittelalterlicher Schiffsfund aus dem 14. Jahrhundert (Kogge), der im Oktober 1962 bei Ausbaggerungsarbeiten in einem Bremer Hafenbecken entdeckt wurde. In diesem Zusammenhang bildeten sich ein Förderverein Deutsches Schiffahrtsmuseum e.V. und das Kuratorium zur Förderung des Deutschen Schiffahrtsmuseums e.V. Beide Vereine trieben die Gründung des Deutschen Schifffahrtsmuseums voran und begleiten das Museum bis heute.