Die Eglise Evangélique Presbytérienne du Togo (EEPT) entstand genau wie die E. P. Church (Evangelical Presbyterian Church, Ghana) aus der Ewe-Kirche, die von deutschen Missionaren 1847 ins Leben gerufen wurde. Ausgangspunkt der Mission war die Volta-Region mit dem dort ansässigen Ewe-Volk. Die erste Gemeinde auf dem heutigen Togo-Gebiet wurde 1893 gegründet (Mission Tove), dieses Datum steht heute für das Gründungsjahr der EEPT. Mit ihrem heutigen Namen existiert die togoische Kirche jedoch erst seit 1922, als auf der ersten Synode in Kpalimé die evangelische Ewe-Kirche ihre Unabhängigkeit erklärte und sich in die E. P. Church und die EEPT teilte, wenn auch mit gemeinsamer Verfassung. Seit 1981 die Verwaltungsstruktur der EEPT dezentralisiert wurde, unterteilt sie sich in unterschiedliche Regionen und Distrikte. Ziel der Umstrukturierung war es, die Arbeit der Kirche transparenter und effektiver zu machen. Heute besteht die Kirche aus 576 Gemeinden in 90 Distrikten, die in sechs kirchlichen Regionen zusammengefasst werden. Diese unterliegen der Verantwortung des Inspecteur Ecclésiastique.