Bereits 1815 hatte es vorübergehend ein geheimes Kriegsarchiv gegeben, das bald wieder aufgelöst wurde. Das Bayerische Kriegsarchiv wurde endgültig im Jahre 1885 als eine dem bayerischen Generalstab nachgeordnete Behörde errichtet mit der Zielsetzung, eine Geschichte der Bayerischen Armee zu erstellen. Es wurde 1920 dem Bayerischen Außenministerium und 1933 der Bayerischen Staatskanzlei unterstellt. 1937 wurde es als „Heeresarchiv München“ dem Chef der Deutschen Heeresarchive in Potsdam nachgeordnet, 1946 als eigene Abteilung dem Bayerischen Hauptstaatsarchiv angegliedert. Der Kern des Archivs ist der heute so genannte Alte Bestand. Dieser setzte sich ursprünglich aus Akten der Bayerischen Armee zusammen, die in die Mitte des 17. Jahrhunderts zurückreichen, seit 1866 im seinerzeitigen bayerischen Reichsarchiv lagerten und um 1885 an das neue Archiv übergingen. Ihnen wurden in der Folgezeit Aktenaussonderungen des Kriegsministeriums ebenso angereiht wie kriegs- und hee­res­geschichtliche Archivalien anderer Provenienzen, welche die Offiziere des Kriegsarchivs vor allem vom Reichsarchiv nach Gesichtspunkten der Sachpertinenz einforderten. Insgesamt umfasst der alte Bestand den Großteil der bis 1914 im Kriegsarchiv vorhandenen Akten. In seiner heutigen Gestalt enthält er aber auch die nach dem Ersten Weltkrieg übernommenen Akten der Kommandobehörden und Truppen bis 1914 in eigenen Unterfonds. Seit 1904 lag er in dem Gebäude des ehemaligen Armeemuseums, am Standort der heutigen Staatskanzlei. Ab 1919 nahm das Kriegsarchiv die Aktenmassen der aufgelösten Bayerischen Armee und ihrer bayerischen Nachfolger (vorläufige Reichswehr, Übergangsheer 1919/20 sowie Bayerische Landespolizei 1919–1935) auf. Dazu kamen die weit in das 19. Jahrhundert zurückreichenden Registraturen des Kriegsministeriums und seiner Nachfolgebehörden sowie die der zentralen Kommando- und Waffenbehörden, die provenienzrein aufgestellt wurden. Nach 1920 kamen umfangreiche Altregistraturen hinzu, die bis in das frühe 19. Jahrhundert zurückreichen, aber nun weitgehend provenienzrein nach den ehemaligen Behörden und Truppenteilen benannt im Zusammenhang belassen wurden. Sie bildeten zwei neue Abteilungen in zwei weiteren Gebäuden: im Kriegsministerium an der Schönfeldstraße (damals Abt. III des Kriegsarchivs, heute Teil des Hauptgebäudes des Hauptstaatsarchivs) und im ehemaligen Zeughaus an der Lothstraße (Abt. II, sog. Weltkriegsabteilung, heute ein Teil der Fachhochschule). Letztere bezog 1929 das in der Leonrodstraße neu errichtete Verwaltungsgebäude, das sich an ein zum Magazin umgebautes ehemaliges militärisches Depot an der Fasaneriestraße anlehnte. In diesem Gebäudekomplex sind seit dem Ende des Zweiten Weltkriegs bis heute alle Archivalien und der Lesesaal des Kriegsarchivs vereinigt. Bereits vor der formellen Errichtung des Kriegsarchivs hatte man mit dem Sammeln militärgeschichtlich interessanten Materials begonnen. Diese Bemühungen wurden während und nach dem Ersten Weltkrieg intensiviert und führten zum Aufbau von umfangreichen Sammlungen von Fotos, Grafiken, Manuskripten, Briefen und Offiziersnachlässen, die mit dem Behörden- und Truppenschriftgut korrespondieren. Die ursprüngliche Zielsetzung, eine Geschichte der Bayerischen Armee zu schreiben, wurde zum Teil erreicht. Bis 1935 sind acht Bände über die Zeit bis 1914 erschienen. Eine eigene militärgeschichtliche Zeitschrift wurde zwischen 1892 und 1925 herausgegeben. Nach dem Ersten Weltkrieg erschienen im Verlag des Kriegsarchivs fast hundert Regimentsgeschichten und andere umfängliche Arbeiten, die sich mit der bayerischen Armee und ihrer Führung während des Weltkrieges befassten. Heute ist das Kriegsarchiv kein militärhistorisches Forschungsinstitut, sondern die Aufgaben liegen wie bei fast allen öffentlichen Archiven in der Bereitstellung von Originalquellen für die Forschung. Dank der weit gefächerten Tätigkeit und Interessen der ehemaligen bayerischen Armee enthält deren schriftliche und bildliche Hinterlassenschaft reichhaltiges Material nicht nur zur Militärgeschichte, sondern auch zur Personengeschichte, zur Orts- und Landesgeschichte, zur Landschaftsgeschichte und –pflege, zur Wirtschafts- und Technikgeschichte, zur Sozial-, Mentalitäts-, Rechts-, Kunst- und Medizingeschichte.