Das zentrale Archiv des Bundes Evangelisch-Freikirchlicher Gemeinden in Deutschland ist das Oncken-Archiv in Elstal, dessen Namensgeber der Begründer der ersten Baptistengemeinde in Deutschland: Johann Gerhard Oncken. In der Entstehungs- und Entwicklungsgeschichte des Bundes mit seinen herausragenden Persönlichkeiten liegen die Wurzeln der Identität, Ziele und Arbeitsbereiche des Bundes heute. Die Beständestrukturen sind ein Abbild der verwaltungsgeschichtlichen Entwicklung des Bundes der Baptistengemeinden (gegr. 1849) und des 1941 gegründeten Bundes Evangelisch-Freikirchlicher Gemeinden in Deutschland (BEFG). Die zeitliche Überlieferung der Bestände umfasst somit das 19. und 20. Jahrhundert. Das Gebäude des Oncken-Archivs, das bis 1997 im Theologischen Seminar in Hamburg-Horn untergebracht war, ist während des Zweiten Weltkrieges durch einen Bombenangriff zerstört worden, wodurch der Großteil der Archivalien Opfer des Brandes wurde. Heute befindet sich das Archiv in Wustermark bei Berlin, auf dem Campus des Bildungszentrums Elstal, nahe der Geschäftsstelle des BEFG und der Theologischen Hochschule. Als „Gedächtnis des Bundes“ sorgt das Oncken-Archiv dafür, dass Erfahrungen und überliefertes Wissen unverfälscht in heutiges und zukünftiges Handeln einfließen können. Das Oncken-Archiv hält für die Forschung und Recherchen vielfältiges Quellenmaterial bereit. Verwahrt werden archivwürdige Akten der Verwaltung des Bundes und seiner Arbeitsbereiche. Die schriftliche Überlieferung wird ergänzt durch Pläne, Bilder und Postkarten, Plakate, Zeitungen, Sammlungen, Filme und Tonträger. Aneinandergereiht füllen diese Informationsträger fast 500 Regalmeter.